Theo một số tài liệu, huyện Quỳnh Côi trước đây còn gọi là A Côi, khi trước huyện lỵ đóng ở xã Quỳnh Côi (nay thuộc thôn An Phú, xã Quỳnh Hải) thuộc phủ Thái Bình, triều nhà Hậu Lê thuộc trấn Sơn Nam, sau thuộc trấn Sơn Nam Hạ, năm 1832, triều nhà Nguyễn, thuộc tỉnh Nam Định (cũ). Năm 1890, đặt ra tỉnh Thái Bình, thì huyện này thuộc phân phủ Thái Ninh tỉnh Thái Bình. Đến năm 1894, niên hiệu Hàm Nghi thứ nhất, huyện lỵ đóng tại xã Lương Cụ.

Ngày 2 tháng 12 năm 1955, sáp nhập hai xã Diên Hồng và Quang Vinh thuộc huyện Quỳnh Côi vào huyện Phụ Dực và chia thành 4 xã mới là: An Thọ, An Ấp, An Vinh, An Kỳ; chuyển xóm Duyên Tề của xã Bắc Sơn (huyện Tiên Hưng) vào huyện Quỳnh Côi để sáp nhập với ba thôn Khả Lang, Mỹ Xá và Lê Hoàng của xã Tây Sơn (huyện Quỳnh Côi) thành xã Quỳnh Châu.[2]

Ngày 28 tháng 2 năm 1958, sáp nhập hai xã An Thọ và An Kỳ vào huyện Quỳnh Côi và đổi tên xã An Thọ thành xã Quỳnh Thọ, đổi tên xã An Kỳ thành xã Quỳnh Minh.[3]

Tên Quỳnh Côi hiện nay được đặt cho thị trấn huyện lỵ huyện Quỳnh Phụ, sáp nhập bởi hai huyện Quỳnh Côi và Phụ Dực vào thập niên 1960. Trước đây, Quỳnh Côi là địa danh một xã (xã Quỳnh Côi, nay là xã Quỳnh Hải), một tổng (tổng Quỳnh Côi gồm các xã Quỳnh Hải, Quỳnh Hội, Quỳnh Xá, và một phần Quỳnh Trang hiện nay).